РЕЭ — первый в мировой практике опыт создания энцикло-педического издания, целиком посвященного российскому еврейству, его судьбам, истории и роли как в жизни России, так и других стран. Границы понятий «Россия» и «российский» в РЕЭ не совпадают с нынешними границами Российской Федерации, а соответствуют границам Российской Империи и СССР в каждый конкретный исторический отрезок времени. Хронологически РЕЭ охватывает период со времени появления евреев на территории России до настоящего времени.

Структурно РЕЭ делится на три части:

• Биографическая. 1-3 том, включающих около 3 тысяч статей-биографий о российских евреях, внесших значительный вклад в культуру, науку, общественную и экономическую жизнь России и других стран. В российском общественном сознании понятие еврей имеет более широкое толкование, нежели традиционное для иудаизма, поэтому в первую часть РЕЭ включаются биографии людей, у которых хотя бы один из родителей был евреем.
• Историко-краеведческая. 4-5 том, включающие более 3,5 тысяч статей о еврейских общинах населенных пунктов Российской Империи и СССР.
• Проблемно-терминологическая. 6-7 тома, включающие статьи общего характера, отражающие различные сферы жизни российского еврейства, в том числе статьи о еврейских организациях, партиях, периодических изданиях, учебных заведениях, о вкладе евреев в различные области науки, культуры, общественно-политической и экономической жизни.